AML规章制度健全，设有人员管理、仪器设备使用、开放基金申请、安全卫生、经费管理等规章制度；各实验室分室设有专职管理人员，分工明确各司其职；建有AML的专属网站，发布实验室概况、科研成果、开放与交流、科研资源共享等内容； 实验室实行主任负责制，对实验室工作全面负责，包括实验室的规划、制度的建设、日常管理和运行、对外交流与合作等，实验室副主任辅助主任负责各实验分室的管理。 多年来， AML注重仪器设备的更新和实验室环境的改善，推动实验室工作的制度化、规范化。

AML的学术委员会在科学研究、制度建设和实验室规划等多方面均发挥着重要作用。每年定期召开学术委员会会议和学术年会，及时了解掌握本学科国内外研究现状和发展趋势，适时合理地调整研究方向；监督指导实验室工作，健全管理制度，及时指出工作中存在的不足，提出建设性意见。 在学术委员会领导下，通过顶层设计，实验室积极推动了自主研究工作，加强了对选题的指导，使得科研方向更好地实现了两个结合，一方面结合学科发展的需要，同时重视结合重大工程的需求。

AML在王自强院士和程耿东院士的领导下，学术委员会重视实验室的学术体制建设，逐步形成了浓厚的科研氛围和学术风气。中青年科研人员和研究生勤奋严谨， 努力争取国家级、省部级的各种科研项目、国际合作项目及各类人才项目；积极参与国际国内外重要学术会议、学术报告；定期举办重点实验室学术讨论班等学术活动。实验室气氛呈现出团结、和谐、拼搏、向上的特点，无违反学术道德的事件发生。